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Le contrôle qualité a lieu dans le cadre du système HACCP et s’applique très strictement dans le domaine des OGM. Lors de la livraison, chaque lot est contrôlé 2 à 3 fois au moyen d’un Quicktest. Pour chaque lot interne ensuite crée (environ 200t), un échantillon de 30kg est prélevé et soumis à une analyse génétique PCR dans un laboratoire européen accrédité. Selon le souhait des clients, le chargement est contrôlé de manière externe par l'organisme d'état brésilien Claspar.
Gebana Brasil est certifiée aux standards GMP et labellisée BioSuisse et Demeter. Dans le domaine du commerce équitable, gebana Brasil produit conformément aux critères de gebana SA Suisse et est membre de l’IFAT. Certains produits sont aussi certifiés FLO.
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